新农合在短短的5年间得到全国8亿多农民的热情拥护和积极支持，最终提前实现全面覆盖的目标，筹资标准也从30元顺利提高到100元。这些成就和新农合的制度创新分不开，其中的一些典型做法更是起到了关键作用，确保了试点和全面推进阶段平稳、扎实开展。
国务院新型农村合作医疗部际联席会议——
国务院新型农村合作医疗部际联席会议涉及十多个部委，包括卫生部、民政部、财政部、农业部、国家发改委、教育部、人事部、国家人口计生委、国务院扶贫办等。联席会议负责从试点到全面推进阶段的政策制定与调整。
联席会议对于整合国家资源、协调部门力量、共同推进新农合，起到了决定性作用。联席会议制定的政策方针都在当年的新农合全国工作会议上得到贯彻和落实。
国库集中支付——
新农合实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。在中央财政补助资金拨付方面，实行国库集中支付的办法，由中央财政直接拨付到县财政。
据卫生部相关专业人士介绍，在新农合基金管理方面，卫生部和财政部联合下发了4个文件，推出了新农合基金财务和会计制度，而不是一般的财务管理办法。这就有很强的约束性，全国都要按照制度去执行。在中央财政补助资金拨付方面，既要强化审核，又要及时到位。目前实行的是国库集中支付专项资金的方式，由中央直接拨付到县里。而一般的拨付方式是从中央到省级财政，再到市财政，然后到县财政，不仅环节多，而且易发生挤占、滞留和挪用等情况。据这位专家的了解，目前财政部实行国库集中支付办法的专项资金，只有义务教育经费和新农合基金等个别项目。这足见国家对新农合的重视程度。
为了配合国库集中支付，新农合实行零余额账户制度。在规定的工作日内要清零账户，确保基金用到参合农民身上，从制度上确保让农民享受到实实在在的好处。
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