新医改争议最多的地方，发生在基本药物制度上。无他，只因为基本药物制度，改变的是药物生产、流通、定价等的整个产业链条，调整的是一大批有组织的经济体的利益。 

　　在10月21日，全国政协召开的一场“基本药物制度”研讨会上，卫生部跟人力资源和社会保障部（以下简称“人保部”）就基本药物制度建构思路，进行了公开表述。两部委争议的焦点，在于基本药物制度体的生产供应模式上。 

　　会上，卫生部有关负责人阐述了基本药物的生产供应保障机制，即由政府组织对基本药物实行招标定点生产、集中采购、直接配送。社区卫生服务中心等基层医疗卫生机构全部使用基本药物，其他各类医疗机构按比例使用。卫生部的上述主题发言也是写入新方案征求意见稿的内容。 

　　业界对基本药物制度内容中的“政府”一词多半理解为卫生行政部门。因此，质疑的声音不断传出。 

　　“这种模式根本不可行。”10月31日，由顾昕任组长的中国经济体制改革研究会医改课题组发布报告称，政府对生产、招标、配送任何一个过程的监管永远都不可能到位。 

　　当日研讨会上，人保部有关负责人发言时称，定点生产、集中采购的办法有一定的现实合理性，但要“防止产生垄断”，应充分尊重市场经济的客观规律，建立统一规则下公平竞争的药品市场。 

　　医改新方案中除了“定点生产”，还提出了颇有市场色彩的“集中采购”，但“谁来负责集中采购，则是市场和计划的分野。如果规定只能由政府来采购就是计划经济，如果允许所有拥有资金并且有兴趣的机构（包括医保机构和医疗机构）都来采购，那么就能发挥市场机制的作用。”人保部有关人士称。 

　　人保部在这次会上提出了自己的鲜明观点：医保机构作为药品的主要付费者，发挥其“团购”力量，与药品供方谈判出一个合理的基本药物价格。再配之约束性强的医保支付手段，以达到促使医疗机构使用基本药物的目的。